La pieve ebbe una considerevole importanza nell’organizzazione religiosa e civile del territorio; alla fine del XIII sec. furono elencate nella pieve dairaghese ben 46 chiese poste ad Arconate, Bienate, Borsano, Buscate, Busto Garolfo, Castano, Castelletto, Cuggiono, Dairago, Induno, Inveruno, Magnago, Nosate, Padregnano, S. Antonino, Turbigo, Villa Cortese.
La chiesa di Dairago, inizialmente l’unica parrocchia di tutto il territorio pievano, col passare dei secoli vide diminuire la propria importanza, in quanto le chiese a lei soggette divennero gradualmente sede di parrocchie autonome.All’inizio del XV sec. il “capitolo intrinseco” della chiesa di S. Genesio era composto da 7 canonici, mentre il “capitolo estrinseco” era formato dai rettori delle 12 parrocchie della pieve: Arconate, Borsano, Buscate, Busto Garolfo, Castano (con due rettori porzionari), Cuggiono, Dairago, Inveruno, Magnago, Padregnano e Turbigo. Gli altri paesi dipendevano in campo spirituale dai centri vicini: Bienate, S. Antonino, Tornavento e Vanzaghello erano sottoposti a Magnago; Induno, Malvaglio e Robecchetto a Padregnano; Nosate a Castano, Villa Cortese a Dairago.
Il capitolo dei canonici residenti venne soppresso nel 1454 e con i redditi ad esso spettanti, il 13 marzo 1455, furono erette le cappellanie di S. Alessandro e di S. Giovanni Evangelista, con l’obbligo per i cappellani di esercitare la cura d’anime a Dairago e a Villa Cortese.
Molti dei prevosti e dei canonici che si succedettero in S. Genesio dal XIV al XVI sec. appartennero alla famiglia Della Croce, una casata dairaghese da cui discese Francesco della Croce (1391ca.-1479) prevosto di Dairago, primicerio della cattedrale e vicario dell’arcivescovo di Milano.